Pour le budget de fonctionnement :
Si on s’appuie sur le droit actuel : la base de calcul des budgets du CSE est celle des « gains et rémunérations soumis à cotisations de sécurité sociale en application de l’article L 242-1 du code de sécurité sociale » (la cour de cassation ayant remis en cause la base du compte comptable 641)

Les allocations de chômage partiel ne sont pas soumises à cotisations sociales mais seulement CSG et CRDS sont dues après application d’un abattement de 1,75 % (dans la limite de 4 fois le plafond annuel de la sécurité sociale ; elles sont considérées comme un revenu de remplacement (idem pour les allocations chômage).

Il s’en suit donc que  l’allocation d’activité partielle, à proportion de la prise en charge par les services de l’État, n’entre pas dans l’assiette de calcul de la subvention de fonctionnement du CSE.

Pour le budget des ASC :  

Article L2312-81 (Modifié par LOI n°2018-217 du 29 mars 2018 – art. 6 (V) 

« La contribution versée chaque année par l’employeur pour financer des institutions sociales du comité social et économique est fixée par accord d’entreprise.

A défaut d’accord, le rapport de cette contribution à la masse salariale brute ne peut être inférieur au même rapport existant pour l’année précédente. »

En clair, si le mode de calcul est différent, il repose sur une assiette identique. L’allocation d’activité partielle doit donc être exclue de l’assiette de calcul.
Il n’y a que la négociation qui permettra d’éviter l’impact du chômage partiel sur les budgets du CSE…