Le médecin du travail joue un rôle central dans la prévention des risques professionnels et la protection de la santé des travailleurs. Il coordonne les équipes composées de plusieurs professionnels (infirmiers, assistants en santé, psychologues, ergonomes, etc.) au sein des services de santé au travail. Le code du travail lui attribue une mission de conseil essentielle auprès des salariés, des employeurs et des représentants du personnel. 
Les services de santé au travail sont activement mobilisés dans la lutte contre le covid-19. L’ordonnance publiée le 2 avril 2020 prévoit que pendant la crise, leurs missions doivent être tournées vers les priorités suivantes : 
  la diffusion dans le monde du travail de messages de prévention contre le risque de contagion ; 
  l’appui aux entreprises dans la définition et la mise en œuvre des mesures de prévention adéquates contre ce risque. A ce titre, les services de santé au travail doivent être particulièrement attentifs aux sollicitations des salariés et des entreprises concernant le covid-19 ; 
  l’accompagnement des entreprises amenées, par l’effet de la crise sanitaire, à accroître ou adapter leur activité. Cela concerne notamment les visites d’embauche. La majorité d’entre elles pourront être reportées sans que cela ne freine l’embauche mais les visites des travailleurs en suivi individuel renforcé (du fait des risques liés à leur poste) et des travailleurs en suivi adapté (travailleurs handicapés, moins de 18 ans, femmes enceintes ou revenant de congé maternité, travailleurs de nuit, titulaires de pensions d’invalidité) devront être maintenues. Ces règles seront précisées par un décret qui sera publié prochainement. 
Enfin, l’ordonnance prévoit que les médecins du travail pourront participer à des missions de dépistage et prescrire des arrêts de travail. Ces dispositions ne sont pas encore entrées en vigueur car des textes réglementaires doivent être prochainement publiés pour les préciser.