La FCE-CFDT a la volonté de développer un syndicalisme d'adhérents, représentatif des salariés du champ fédéral et porteur d'un projet de transformation sociale. Les structures de la FCE ont été conçues de manière à atteindre cet objectif.
Depuis 2005, le 17 mai est une journée de sensibilisation et de prévention pour agir contre la violence à l’égard des lesbiennes, gays, bisexuel(les), trans,